Offre d'emploi Développeur informatique

Descriptif de l'offre d'emploi informatique

IDENTIFICATION DU POSTE
Développeur informatique au CHU de Toulouse

TYPE DE CONTRAT
CDD 1 an avec renouvellement possible en CDI

FIN DES CANDIDATURES
15 avril 2022

CONTEXTE
La cellule bio-informatique du CHU de Toulouse est une petite équipe en plein essor dont l’objectif est de proposer une expertise et des outils afin d’accompagner les équipes médicales dans leurs projets de recherche et de diagnostics patients. Elle contribue ainsi à l’innovation en santé et à l’amélioration du soin pour le patient. La cellule est également amenée à contribuer à des projets avec d’autres centres hospitaliers en France.
Les bio-informaticien-ne-s actuel-le-s qui la composent partagent leur temps entre des activités propres à leurs laboratoires et des travaux communs réalisés au sein de la cellule. Ils interagissent également avec les bio-informaticiens de l’Institut Claudius Regaud avec lesquels ils partagent un cluster de calcul et certains projets communs.
Dans ce cadre, plusieurs projets de développement informatique existent : système de gestion et de visualisation de résultats de séquençage haut débit ; système de gestion de laboratoire ; système de gestion et d’intégration de données médicales variées. Ces activités stratégiques sont vouées à augmenter et la personne recrutée viendra donc renforcer l’équipe en tant que développeur.

MISSIONS
• Gérer des projets de développement pour la bio-informatique médicale du CHU de Toulouse.
o Réaliser de manière proactive le recueil des besoins des utilisateurs médicaux ou para-médicaux.
o Être force de proposition et anticiper les évolutions futures du domaine pour améliorer ou initier des projets ;
o Planifier, modéliser, concevoir, organiser et mettre en place la réponse aux besoins.
o Réaliser les formations et le support liés à ses projets.
• Déployer, administrer et maintenir les serveurs, applications et base de données produites dans le cadre de son activité.
• Participer voire élaborer des projets de développement dans des domaines tels que l’intégration de données notamment sur les aspects de base de données, architecture applicative et interface (graphique ou applicative).
• Participer à l’élaboration et la valorisation intellectuelle des projets :
o Participer à l'élaboration et au suivi des projets d'investissements en collaboration avec les référents et les coordinateurs médicaux.
o Participer, lors des appels d'offres et des plans d'équipements, à l'élaboration de cahiers de charges relatifs aux équipements, en concertation avec le coordinateur de la cellule bio-informatique et la Direction de pôle.
• Maintenir son expertise appliquée à la bio-informatique dans le milieu médical.

CONTENU DU POSTE
TACHES PRINCIPALES
• Développements informatiques :
o Assure la conception, le codage, le déploiement, le débogage et la validation des outils nécessaires à la bioinformatique.
o Met en œuvre et participe à l'amélioration de l'outil de gestion de pipeline.
o Participe à des projets de développement et leur maintenance.
o Assure des formations pour les utilisateurs sur les outils et technologies déployés.
• Projets identifiés :
o Participe au projet d’application de gestion des résultats d’analyse de biologie moléculaire. Ce projet vise à permettre le stockage, la visualisation, la validation et l’interrogation des données pour le personnel médical et paramédical et pour diverses applications permettant l’automatisation des flux de données dans l’établissement. Il se compose de plusieurs bases de données servies par un serveur REST et d’un serveur web. Des interfaces avec les systèmes de gestion de laboratoire institutionnel sont également à prévoir afin d’afficher certaines données des systèmes de gestions des laboratoires et également reverser des résultats dans ces systèmes.
o Réalise la mise en place d’un système de gestion de laboratoire pour la biologie moléculaire. Ce type d’application sert à gérer les échantillons, leur traçabilité, les demandes d’analyses, les résultats des instruments, et les projets. Les interfaces permettront la saisie des informations mais également le reporting paramétrable par les utilisateurs sous forme entre autre de dashboard et l’interrogation par des applications (API). Recueil des besoins, cahier des charges, conception, développement, mise en place, maintenance et gestion d’une base de données. Ce système devra être réutilisable par les laboratoires qui le souhaitent.
o Participe à des projets innovants relatifs à son domaine de compétence.
o Participe au développement de nouveaux outils bio-informatiques et à leur validation dans le domaine du diagnostic ou de la recherche clinique.
• Assure une veille scientifique et technique dans son domaine de compétence :
o Réalise des benchmarks sur des techniques et technologies innovantes pour pourvoir améliorer les services actuels de la bioinformatique.

TACHES PONCTUELLES
• Rédige et vérifie les nouvelles procédures dans le domaine de compétences.
• Encadre les étudiants et les stagiaires.
• Participe à la rédaction de publications et assiste à des congrès scientifiques.

EXIGENCES DU POSTE
DIPLOME
Bac +5 en génie logiciel/développement informatique
ou
Bac +5 en bio-informatique justifiant d’une expérience en développement logiciel

COMPETENCES REQUISES
• Maîtrise des environnements Linux.
• Expérience dans les bases de données (relationnelles et non relationnelles) : conception, gestion et interrogation.
• Expérience dans la gestion de serveurs applicatifs.
• Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (méthodes agiles, modélisation, gestion de version via Git, tests unitaires, fonctionnels et applicatifs).
• Maîtrise des langages de programmation (Python, JavaScript).
• Maitrise d’un système de packaging de librairie (PyPI pour python, NPM ou autre pour javascript).
• Maitrise d’un des deux framework web React ou Vue.js.
• Expérience dans les langages de présentation/description (HTML, CSS, XML, JSON).
• Expérience dans un système de conteneurisation/déploiement d’application (Docker/Singularity/Conda).

QUALITES REQUISES
• Capacité à travailler en étroite collaboration avec les biologistes et la cellule bio-informatique.
• Capacité à gérer des projets, adaptabilité et réactivité pour s'informer et se former aux nouveaux développements.
• Proactivité pour identifier les besoins et les possibilités d’amélioration relevant de son domaine.
• Sens pédagogique et capacité à partager ses connaissances.
• Sens de l'organisation.
• Discrétion, respect du secret médical.
• Ecoute et disponibilité.
• Esprit d'initiative et d'amélioration.
• Aptitude au travail en équipe.

CONTACT
Responsable cellule bioinformatique du CHU : [email protected]

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